HOLA!
Mira haber si Entiendo tu problema, Diste una Factura en Pesos Mexicanos a un Proveedor Extranjero, y este te pago en dolares, pero cuando paso al tipo de cambio fue mayor a lo que en realidad salio la factura?
si es asi, lo que tienes que hacer es realizar nuevamente la factura por el importe real con fecha de la transaccion, si esto no es posible lo que hacer es ajustar y enviar una factura por la parte del ajuste, o ya si eso no te convence lo unico es hacer una transferncia a favor de la empresa por lo que se deposito demas...
SALUDOS