Haber, haber, colega mira Legalmente las vacaciones no se pueden cambiar por dinero:
ARTICULO 79 LFT. LAS VACACIONES NO PODRAN COMPENSARSE CON UNA REMUNERACION.
SI LA RELACION DE TRABAJO TERMINA ANTES DE QUE SE CUMPLA EL AÑO DE SERVICIOS, EL TRABAJADOR TENDRA DERECHO A UNA REMUNERACION PROPORCIONADA AL TIEMPO DE SERVICIOS PRESTADOS
Complementando, si no las descansa y se las pagan, deben integrar al SBC en el bimestre en que ocurra.
Tal y como dices, no es que se paguen dobles, una cosa es sueldo y la otra vacaciones.
De hecho como lo marca el fundamento el pago de las vacaciones solo se da cuando termine la relacion laboral.
espero te sirva de algo